更年期综合征出现的根本的原因是由于生理性或病理性或手术而引起的卵巢功能衰竭。女性特征和生理功能都与卵巢所分泌的雌激素有密切关系，卵巢功能一旦衰竭或被切除和破坏，卵巢分泌的雌激素就会显著减少。现代医学研究发现，女性全身有400多种雌激素受体，这些受体分布在几乎女性全身所有的组织和器官，接受雌激素的控制和支配，一旦体内分泌的雌激素减少，就会引发器官和组织的退行性变化，出现一系列的症状。
    1.神经递质 神经内分泌的有关研究表明：下丘脑神经递质阿片肽(EOP)肾上腺素(NE)和多巴胺(DA)等与潮热的发生有明显的相关性。5羟色胺(5-HT)对内分泌、心血管、情感和性生活等均有调节功能。已有报道围绝经期综合征患者的自主神经功能障碍与血中5-HT明显降低有关。动物实验进一步证明下丘脑的5-HT水平在卵巢切除后明显降低，用雌激素后可发生明显逆转，故认为围绝经期综合征所表现的功能紊乱症状，可能与随年龄的增长5-HT下降有关。研究发现，绝经后妇女血中β内啡肽(β-EP)及其抗体明显低于生殖期妇女，而β-EP抗体的下降表示免疫系统调节神经内分泌的功能发生紊乱而出现各种神经精神症状。
    2.遗传因素 有报道11对孪生姐妹围绝经期综合征开始时间完全相同，症状和持续时间也极相近。个体人格特征、神经类型、文化水平、职业、社会人际、家庭背景等与围绝经期综合征发病及症状严重程度有关。大量的临床资料表明性格开朗、神经类型稳定，从事体力劳动者发生围绝经期综合征者较少或症状较轻，而且症状消失较快。性格孤僻，神经类型不稳定，有精神压抑或精神上受过较强刺激，文化层次较高、社会地位与生活条件优越的妇女症状较重。说明该病的发生可能与高级神经活动有关。