上尿路感染可发生于单侧或双侧肾脏，肾盂肾盏表面可见脓性分泌物，黏膜充血、水肿，黏膜下有细小炎症病灶，重症时可融合为小脓肿。大量中性粒细胞浸润，肾小管腔内有脓性分泌物，上皮细胞肿胀，坏死、脱落，部分严重者有广泛性出血，以形成浅表溃疡。但肾小球形态常正常。
    下尿路感染没有发生解剖形态变化，急性膀胱炎可见膀胱黏膜充血，上皮细胞肿胀，黏膜下组织充血，白细胞浸润。少数重症病例出现膀胱黏膜点状或片状出血或黏膜溃疡。